基因组所介绍

中国农业科学院深圳农业基因组研究所成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和深圳市政府共同支持建设。基因组所通过整合生物学和大数据科学，来认识与利用农业生物基因组，服务全球农业生产。为此，基因组所成立了组学技术、合成生物学、植物基因组、动物基因组、生态基因组、食品科学等研究中心和相关技术平台。基因组所的长期愿景是致力于通过颠覆性创新来促进全球农业可持续发展，服务于个性化食品供给体系，并提升人类健康水平和农民社会地位！

成立以来，基因组所深入贯彻落实习近平总书记“四个面向、两个一流”指示精神，开展科研自主权改革试点工作，被列为中国农科院现代院所改革的“试验田”，建立了由中国农科院与深圳市主管领导任共同理事长的理事会；组建了1000多人的研究队伍；形成了以组学技术为核心、辐射农业、食品和生态方向的学科体系，获批“岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心”“农业农村部农业基因数据分析重点实验室”等创新载体；在包括Science、Nature、Cell等顶级期刊在内的杂志上发表SCI论文400多篇，以基因组设计育种育成国审、省审新品种30余个，农业基因组学等研究领域占据世界前沿。2019年以来连续三年自然指数排名全国农业类科研院所第一名，多项成果入选“‘十三五’农业科技十大标志性成果”“中国生命科学十大进展”“中国农业科学十大进展”。先后获得“何梁何利基金”奖、“周光召基础科学奖”“深圳经济特区建立40周年创新创业和先进模范人物”“深圳市市长奖”等奖励。

程时锋课题组介绍

程时锋课题组目前以Trait-based phylogenomics (“C4光合”和“结瘤固氮”)为框架研究植物获得适应性新性状的分子机制、以Genomics-design Breeding（“小麦”和“豌豆”群本）为目标研究作物群体驯化和设计育种技术路线。代表性成果以第一或通讯作者（含共同）发表在Science（2篇）、CELL、Nature Biotechnology、Plant Cell等杂志，多篇文章被F1000重点推荐；主持国家重点研发计划1项，省部级项目2项。

课题组负责人程时锋老师代表性论文

 *第一作者 †通讯作者

 1. Cheng S*, Wong G, Melkonian M. Giant DNA viruses make big strides in eukaryote evolution. Cell Host & Microbe (2021). https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.01.008

 2. Cheng S*, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell, 2019, 179(5): 1057-1067. e14.

 3. Griesmann M, Chang Y, Liu X, et al. Cheng S†. Phylogenomics reveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis. Science, 2018, 361(6398): eaat1743.

 4. Cheng S*, Melkonian M, Smith SA, et al. 10KP: A phylodiverse genome sequencing plan. Gigascience. 2018;7(3):1–9.

 5. Cheng S*, Gutmann B, Zhong X, et al. Redefining the structural motifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeat proteins in land plants. Plant J. 2016;85(4):532–547.

 6. Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science. 2015;350(6261):691–694.

 7. Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. The Tarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.

 8. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).

 6. Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science. 2015;350(6261):691–694.

 7. Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. The Tarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.

 8. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).

一、招聘岗位

根据课题组工作需要，拟招聘：

1. 博士后3名。

2. 助理研究员4名。

3. 科研助理1名。

二、岗位职责

（一）博士后/助理研究员

具体职位可面谈

基因组深度学习方向（1人）

1. 基因组功能元件、序列模型预测深度学习算法、流程开发。

2. 植物大规模系统比较进化基因组学大数据分析和方法构建。

3. 作物群体基因组学与数量遗传学基因发现，开发基因与基因、基因与环境互作研究方法（QTN，QEI，QQI）

4. 开发群体基因组大的结构性变异(pan-sv)、泛基因(pan-genome)，以及基于大的结构变异与表型关联分析方法（meta-QTL/GWAS）。

5. 负责具体麦类与豆类群体项目。

高通量表型与AI算法开发方向（1人）

1. 开发高通量表征与量化麦类与豆类表型数据技术方法（分子表型、生理表型及农艺表型等）。

2. 开发作物地下表型表征与量化方法。

3. 利用AI等算法整合基因大数据，表型大数据，开发从Genetic variation到Phenotypic changes到Breeding Value表征量化预测方法。

4. 负责具体麦类与豆类群体项目。

比较基因组学及系统发育分子进化方向（2人）

1. C4/CAM光合作用方法（1人）

2. 结瘤共生固氮（1人）

作物遗传育种方向（1-2人）

1. 作物田间实验设计、规划和管理。

2. 负责育种基地管理和育种项目实施，包括作物的田间杂交、材料管护、品种选育等育种相关工作。

3. 构建小麦或豌豆作图群体，并开展群体鉴定、多点多年农艺性状表型系统采集与分析。

4. 开展目标性状设计育种。

（二）科研助理

1. 协助课题组科研方向调研、协助基金与经费申请。

2. 协助课题组项目管理与发展。

3. 开展国际合作，从全球引进种质资源。

4. 协助团队综合行政工作、跨部门协调沟通等。

5. 课题组长安排的其他工作。

三、应聘条件

（一）博士后

1. 获得博士学位，数学、计算机科学、数理统计、生物信息学、物理学、基因组学、遗传学、农学、植物学等相关专业。

2. 原则上近三年以第一作者发表1篇中国科学院JCR二区（含共同第一作者，排名第一位），或影响因子20.0以上的SCI收录学术研究论文（含共同第一作者，排名前两位）。

3. 基因组深度学习、基因编辑、高通量表型与AI算法开发方向要求熟练使用Linux系统，至少熟练掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等语言中的两种，或接受过系统分析生物学、生物化学、遗传学训练有丰富的分子和细胞生物学实验基础，能独立开展植物基因编辑体系构建和相关研究工作。

4. 作物表型和遗传育种方向要求接受过系统的分子生物学、种质资源学、遗传学培训，具有海外学习研究经历和遗传育种研究背景者优先考虑。

5. 热爱科研，勤于思考，能独立开展课题研究，学术态度严谨，善于团队合作。

6. 良好的沟通能力和中英文科研写作能力。

（二）助理研究员

1. 具有硕士研究生及以上学历，数学、计算机科学、数理统计、生物信息学、物理学、基因组学、遗传学、农学、植物学等相关专业。

2. 基因组深度学习、基因编辑、高通量表型与AI算法开发要求熟练使用Linux系统，至少熟练掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等语言中的两种，或接受过系统分析生物学、生物化学、遗传学训练有丰富的分子和细胞生物学实验基础，能独立开展植物基因编辑体系构建和相关研究工作。

3. 作物表型和遗传育种方向要求接受过系统的分子生物学、种质资源学、遗传学培训，具有海外学习研究经历和遗传育种研究背景者优先考虑。

4. 热爱科研，勤于思考，能独立开展课题研究，学术态度严谨，善于团队合作。

5. 良好的沟通能力和中英文科研写作能力。

（三）科研助理

1. 具有本科及以上学历，有生命科学类专业、英语能力较强者优先考虑。

2. 工作认真，责任心强，时间观念强，有良好的沟通能力、团队协作精神。

四、薪资待遇

（一）博士后

1. 按照深圳市、大鹏新区相关规定，博士后在站期间享受在站博士后生活补贴，具体金额以政府最新规定为准。

2. 按照研究所的相关规定提供博士后的工资、五险一金和绩效待遇。

3. 符合条件的，可申请"博士后创新人才支持计划"、"博士后国际交流计划派出项目、引进项目"、广东省海外博士后人才支持项目、中国农业科学院博士后"优农计划"，在站期间可申报"中国农业科学院优秀博士后"评审，入选者给予奖金奖励。

4. 博士后人员进站后，可选择落户深圳市，其配偶及未成年子女可办理随迁入户。

5. 符合条件的博士后可申请评定专业技术资格。

6. 深圳市对出站博士后留深工作、签订3年劳动合同的，给予30万元资助，用于科研投入或创业前期费用。

7. 提供良好的工作环境和充足的研究经费，配备研究需要的设备和仪器，科研方向给予较高自由度。

（二）助理研究员

1. 提供具有市场竞争力的薪资待遇，相关社会保险及公积金按照深圳市有关规定执行。

2.符合条件的可选择落户深圳市，并且享受深圳市人才生活和租房补贴，具体金额以政府最新规定为准。

3. 提供良好的工作环境和充足的研究经费，配备精良的实验仪器，科研方向给予较高自由度。

4.提供良好的科研环境和深造学习培训的机会，表现优异可协助推荐到国内外知名科研单位深造学习或开展科研合作。

（三） 科研助理

1. 提供具有市场竞争力的薪资待遇，相关社会保险及公积金按照深圳市有关规定执行。

2.符合条件的可选择落户深圳市，并且享受深圳市人才生活和租房补贴，具体金额以政府最新规定为准。

3.提供良好的科研环境和深造学习培训的机会，表现优异可协助推荐到国内外知名科研单位深造学习或开展科研合作。

五、申请方式

申请者请将个人简历（包含教育经历、研究经历、论文发表）、代表作和工作规划以电子邮件形式发送至：chengshifeng@caas.cn，抄送邮箱至znkyjyz@163.com。邮件主题和材料压缩文件请注明"姓名+申请职位名称"。

所有应聘材料我们将会严格保密，课题组会在收到申请的一个月内与初审合格者电话或E-mail联系，安排面试。资格审查未通过者，不再另行告知。

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